Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A3P12111 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL6A3P12111 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms