Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC39Q9UFE4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms