Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
SMC4Q9NTJ3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC4Q9NTJ3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms