Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCIF1Q9H4Z3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCIF1Q9H4Z3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms