Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
SKA1Q96BD8 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SKA1Q96BD8 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms