Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms