Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
PCNAP12004 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
PCNAP12004 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
PCNAP12004 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
PCNAP12004 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
PCNAP12004 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
PCNAP12004 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
PCNAP12004 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
PCNAP12004 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
PCNAP12004 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms