Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXD4P09016 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
HOXD4P09016 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms