Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS4AQ9UN37 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS4AQ9UN37 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms