Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CPSF3Q9UKF6 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms