Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMD1Q9UGP4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms