Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
KLHL28Q9NXS3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
KLHL28Q9NXS3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
KLHL28Q9NXS3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
KLHL28Q9NXS3 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
KLHL28Q9NXS3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
KLHL28Q9NXS3 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
KLHL28Q9NXS3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms