Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC140Q96MF4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC140Q96MF4 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms