Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC112Q8NEF3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms