Protein–RNA interactions for Protein: Q5VTR2

RNF20, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF20Q5VTR2 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
RNF20Q5VTR2 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
RNF20Q5VTR2 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms