Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS53Q5VIR6 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS53Q5VIR6 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms