Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 HRC-203ENST00000595625 2044 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 C1QTNF3-202ENST00000382065 2802 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FRMD4B-201ENST00000398540 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FAM212B-AS1-201ENST00000430373 2131 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 SERPINB8-209ENST00000636430 1719 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 LYPLA1-202ENST00000343231 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 C1orf87-202ENST00000450089 1307 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FSTL4-201ENST00000265342 5419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 TNK1-207ENST00000576812 3023 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PADI2-202ENST00000375486 4345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ZNF774-201ENST00000354377 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 VWA5B2-202ENST00000426955 4120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FBXO3-203ENST00000526785 5798 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 IQCF1-201ENST00000310914 695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC019349.1-201ENST00000411759 476 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC005822.1-201ENST00000414124 1034 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC007383.2-201ENST00000420509 752 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AL118511.1-201ENST00000439341 794 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 TAGLN3-203ENST00000455401 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ZNF816-208ENST00000535506 529 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC009055.1-201ENST00000562656 781 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC133555.4-201ENST00000569081 152 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 CCND3P2-201ENST00000579393 537 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 HTD2-205ENST00000477305 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PKIA-202ENST00000396418 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ZNF596-201ENST00000308811 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FPGT-202ENST00000370898 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 DDX31-202ENST00000372153 3285 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PML-201ENST00000268058 4508 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 SLC6A6P1-201ENST00000413933 1850 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 P2RY1-201ENST00000305097 6747 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ARHGEF3-213ENST00000496106 1994 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 SHPK-201ENST00000225519 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GDPD5-204ENST00000526177 4150 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RPS6KA1-213ENST00000526792 2596 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC036108.2-201ENST00000566974 2562 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PCDHB16-201ENST00000609684 5001 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 OTOF-202ENST00000338581 4954 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC022364.1-202ENST00000617468 2409 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC026271.1-201ENST00000447794 1348 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC007491.1-201ENST00000637560 1306 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ANXA11-201ENST00000265447 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 IKZF1-206ENST00000359197 3487 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ARRB2-207ENST00000571206 1659 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GTF2I-215ENST00000614986 4415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GTF2I-221ENST00000621734 4412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 APBB1-201ENST00000299402 2636 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RRAGD-201ENST00000359203 4042 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ZP4-201ENST00000366570 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GNAS-215ENST00000371102 3438 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ARPC4-TTLL3-201ENST00000397256 2466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ZC3H4-201ENST00000253048 6119 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 SLC22A20-202ENST00000525437 3196 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PRDM4-201ENST00000228437 4210 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PAK1-215ENST00000530617 3001 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 C1R-209ENST00000542285 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GAST-201ENST00000329402 470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 VASH2-205ENST00000366967 1206 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PMF1-201ENST00000368273 884 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 TEDDM2P-201ENST00000414169 786 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 SAPCD1-AS1-202ENST00000419679 461 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AL139008.1-201ENST00000437894 228 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RPL3P5-201ENST00000441645 1232 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 EXTL3-AS1-203ENST00000520023 780 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GOLT1B-206ENST00000542038 933 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC004801.1-201ENST00000549557 360 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC034102.3-201ENST00000551846 300 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GRAPL-204ENST00000577213 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 USE1-207ENST00000596136 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 IRF3-213ENST00000596765 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AL353622.2-201ENST00000605846 425 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 NRSN2-205ENST00000608467 504 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 TMEM230-211ENST00000615008 594 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 AC008806.1-201ENST00000624962 2443 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 TTC23L-203ENST00000505624 1353 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 NDRG1-222ENST00000522476 1385 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PIGC-202ENST00000367728 2630 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 PMP22-203ENST00000395938 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 FOSB-212ENST00000592811 3089 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GNAO1-214ENST00000638705 3529 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 MSRA-202ENST00000382490 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 DNM3-201ENST00000355305 3280 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 LINC01257-201ENST00000376678 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 LINC00987-201ENST00000427111 2472 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 CTCFL-211ENST00000502686 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ATN1-201ENST00000356654 4351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 RAB11FIP1-201ENST00000287263 6253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 ZNF202-207ENST00000530393 3564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 XYLB-203ENST00000427323 1666 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 OPRL1-203ENST00000355631 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 GNB5-203ENST00000396335 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 MEX3B-202ENST00000558133 4333 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SMARCA1P28370 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms