Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CPSF3Q9UKF6 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CPSF3Q9UKF6 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms