Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC39Q9UFE4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC39Q9UFE4 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms