Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS54Q9P1Q0 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS54Q9P1Q0 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms