Protein–RNA interactions for Protein: Q96RL7

VPS13A, Vacuolar protein sorting-associated protein 13A, humanhuman

Predictions only

Length 3,174 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13AQ96RL7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS13AQ96RL7 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS13AQ96RL7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS13AQ96RL7 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms