Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP39Q53GS9 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.4 ms