Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms