Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A4P53420 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A4P53420 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms