Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
COL18A1P39060 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
COL18A1P39060 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL18A1P39060 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms