Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
BRCA1P38398 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRCA1P38398 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRCA1P38398 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
BRCA1P38398 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRCA1P38398 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
BRCA1P38398 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRCA1P38398 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRCA1P38398 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
BRCA1P38398 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRCA1P38398 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRCA1P38398 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms