Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
HOXD3P31249 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms