Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
BDNFP23560 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BDNFP23560 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BDNFP23560 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
BDNFP23560 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
BDNFP23560 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BDNFP23560 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BDNFP23560 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
BDNFP23560 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
BDNFP23560 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
BDNFP23560 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
BDNFP23560 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
BDNFP23560 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
BDNFP23560 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
BDNFP23560 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
BDNFP23560 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
BDNFP23560 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
BDNFP23560 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BDNFP23560 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms