Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms