Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMD1Q9UGP4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms