Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SMPD3Q9NY59 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMPD3Q9NY59 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms