Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4AQ9BY43 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4AQ9BY43 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms