Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SKA1Q96BD8 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA1Q96BD8 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA1Q96BD8 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms