Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms