Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
VPS53Q5VIR6 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS53Q5VIR6 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms