Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CHD3Q12873 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHD3Q12873 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
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