Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCA1P28370 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms