Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG1P18858 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG1P18858 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG1P18858 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG1P18858 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG1P18858 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG1P18858 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG1P18858 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG1P18858 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG1P18858 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG1P18858 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms