Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A3P12111 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms