Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A1P12109 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms