Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SNHG28P0DPA3 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
SNHG28P0DPA3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SNHG28P0DPA3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms