Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VIMP08670 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VIMP08670 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VIMP08670 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VIMP08670 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VIMP08670 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VIMP08670 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VIMP08670 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VIMP08670 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VIMP08670 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VIMP08670 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms