Protein–RNA interactions for Protein: O95197

RTN3, Reticulon-3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,032 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN3O95197 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTN3O95197 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
RTN3O95197 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTN3O95197 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTN3O95197 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RTN3O95197 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTN3O95197 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTN3O95197 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTN3O95197 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTN3O95197 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTN3O95197 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTN3O95197 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTN3O95197 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
RTN3O95197 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms