Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SMKR1H3BMG3 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SMKR1H3BMG3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms