Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FAM156A-208ENST00000615092 2098 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NUF2-201ENST00000271452 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZEB2-204ENST00000409487 5361 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RALGDS-203ENST00000372062 3596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TMEM123-202ENST00000398136 3579 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TIAM1-201ENST00000286827 7200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LINC01815-202ENST00000641468 1409 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TPM2-204ENST00000378300 1771 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FAM86C1-202ENST00000359244 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SYNRG-229ENST00000621136 4841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PASK-203ENST00000403638 5161 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PI4KB-201ENST00000368872 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GRIA4-202ENST00000393125 2994 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CNKSR2-207ENST00000543067 4355 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DNMT3A-202ENST00000321117 4279 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GRK7-201ENST00000264952 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PSMD2-205ENST00000435761 2574 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN32-202ENST00000396846 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN32-203ENST00000396852 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CACNA1G-211ENST00000503485 6768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CACNG3-201ENST00000005284 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PLD5-204ENST00000442594 3305 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PRUNE1-205ENST00000368937 1850 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 JTB-202ENST00000356648 1040 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TMEM104-204ENST00000582330 4679 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 POC1B-GALNT4-202ENST00000548729 5436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KLKP1-203ENST00000600104 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RPS27L-201ENST00000330964 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC25A25-204ENST00000373069 3376 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LINC02347-203ENST00000540774 1442 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZNF41-202ENST00000377065 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RERE-201ENST00000337907 8026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MOB3C-201ENST00000271139 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AOC2-202ENST00000452774 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZNF277-201ENST00000361822 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CHD1L-202ENST00000369258 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC13A2-201ENST00000314669 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 HYOU1-221ENST00000621959 3358 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ABCB9-201ENST00000280560 3517 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 RNASE7-201ENST00000298690 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 AF013593.1-201ENST00000458074 1487 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 SEC31A-202ENST00000311785 3909 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-202ENST00000396593 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 ZYX-203ENST00000392910 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 EIF2AK1-201ENST00000199389 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 FBXO44-202ENST00000251547 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 ZNF140-202ENST00000355557 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 GNAL-203ENST00000423027 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 AC020763.3-201ENST00000625095 2904 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 NR4A1-201ENST00000243050 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 ZBTB26-201ENST00000373654 2047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 LINC01209-201ENST00000451289 2400 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 STK40-203ENST00000373130 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 DHRS7B-202ENST00000395511 2175 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 CCDC163-203ENST00000626657 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 SLC45A2-202ENST00000382102 2723 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 CTCFL-218ENST00000608440 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC2L-211ENST00000565504 3102 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 SLC35F1-201ENST00000360388 4852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 AC138150.2-201ENST00000589796 2053 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC112Q8NEF3 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms