Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 HMOX2-216ENST00000613539 1703 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 BEAN1-201ENST00000299694 2160 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 LINC02538-201ENST00000609107 4569 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 POU2F2-202ENST00000389341 6901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 SLC1A7-202ENST00000371494 2637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 JMJD6-203ENST00000445478 5303 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 DOCK4-206ENST00000437633 6212 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 FAM124B-201ENST00000243806 2030 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 KDM1B-201ENST00000297792 3811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ADAM15-203ENST00000356955 2949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 PPM1M-201ENST00000296487 2429 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MINDY4-201ENST00000265299 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AL157996.1-201ENST00000624684 2299 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 TNS2-219ENST00000552570 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 GAB1-202ENST00000262995 7981 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 SLC25A31-201ENST00000281154 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 POTEM-201ENST00000547889 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MST1-202ENST00000449682 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 NOTCH1-201ENST00000277541 9371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ATP5A1-215ENST00000590665 1793 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 EDEM3-202ENST00000367512 6678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AC007491.1-201ENST00000637560 1306 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MC3R-201ENST00000243911 1084 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MT1H-201ENST00000332374 397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 EPPIN-201ENST00000336443 1217 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MRPS11-202ENST00000353598 766 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 CDKN2C-202ENST00000371761 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 KRTAP10-5-201ENST00000400372 1150 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 VPREB1-202ENST00000403807 755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 RPL3P2-204ENST00000413027 1203 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 HMGA1P1-201ENST00000415560 1062 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 DDX39B-AS1-208ENST00000420520 516 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 DEPDC1-AS1-201ENST00000428732 1247 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AC147651.3-201ENST00000429872 731 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 NME6-208ENST00000435684 599 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AC074389.3-201ENST00000450458 454 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
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USP39Q53GS9 TPP1-209ENST00000528657 578 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
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USP39Q53GS9 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
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USP39Q53GS9 AP000356.3-203ENST00000614808 601 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 OCRL-202ENST00000371113 5162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 USP9X-202ENST00000378308 8371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 TMEM47-201ENST00000275954 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 SIRT2-202ENST00000358931 1912 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MAD1L1-204ENST00000406869 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 BBS1-203ENST00000455748 1552 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ARHGAP45-201ENST00000313093 4273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 RAB6C-201ENST00000410061 3075 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 CD48-201ENST00000368045 1793 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 HERPUD1-203ENST00000379792 1782 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 CFAP157-206ENST00000614677 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 RGS8-204ENST00000483095 1432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ADAM11-201ENST00000200557 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 TICRR-201ENST00000268138 6775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 C12orf73-201ENST00000378090 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
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USP39Q53GS9 ARHGAP4-201ENST00000350060 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 RFX8-201ENST00000428343 1686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 CABLES2-201ENST00000279101 3785 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 NUP153-203ENST00000613258 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 TMEM45A-202ENST00000403410 1910 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MAPRE2-201ENST00000300249 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 FBXO16-202ENST00000380254 1343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 NIFK-AS1-203ENST00000419902 1316 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AC111170.3-201ENST00000624282 2464 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 DSG1-202ENST00000462981 1857 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 ABCA2-201ENST00000265662 8154 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 HIST1H1D-201ENST00000244534 666 ntAPPRIS P1 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AC093609.1-201ENST00000434020 952 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 NRADDP-201ENST00000437305 691 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 PLSCR1-202ENST00000448787 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 AP000866.5-201ENST00000531241 445 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
USP39Q53GS9 SCGB1B2P-201ENST00000595013 612 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
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