Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS4AQ9UN37 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.6 ms