Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
EXOSC4Q9NPD3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
EXOSC4Q9NPD3 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms