Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms