Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC112Q8NEF3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms